衡山县人民检察院现共有5个内设机构，分别为办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部。其中第一检察部主要业务为刑事检察工作，第二检察部主要业务为民事、行政、公益诉讼检察工作，第三检察部主要业务为案管、控告、申诉、刑事执行等检察工作。